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新宿三越アルコットの6階～8階で展開するジュンク堂書店新宿店は、2004年秋にオープンしました。「品揃えだけがとりえの愚直な本屋」をモットーに、専門書やコミックなど約90万冊を取りそろえています。同店舗は2011年12月、Twitter（@junkunofurusato）で「2012年3月末日の新宿三越アルコット閉館に伴い、ジュンク堂書店新宿店の閉店も正式に決定いたしました」とツイートしていました。
閉店の決定を受け、同店舗はサイトに「当店の存続のご要望をいただいておりましたにもかかわらず、力及ばずご期待にお応えできませんこと、誠に申し訳なく存じます」「皆様から暖かいご支援、ご愛顧を賜りましたことを、心より御礼申し上げます」とのメッセージを掲載
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